建設業者は個人や法人、元請下請け孫請け問わずに、軽微な建設工事以外の工事を請け負う際には建設業許可、というものが必要になります。
許可の申請先は各都道府県知事または国土交通大臣の二通りになります。
この両者の違いはさほどありません。
ただ単に建設業を営む営業所が一県にのみ所在する場合はその都道府県知事へ、複数県に跨り所在する場合は国土交通大臣が管轄になる、それだけになります。
若干様式や費用の面で異なりますが、この許可で行えることは同じであり、許可取得の要件も基本的には変わりありません。
どちらが高等な許可、というわけではないのです。

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建設業許可申請サポート＠東京都

例えば東京都に営業所を持っている場合は申請先は東京都知事、知事許可が必要になります。
東京都以外にも営業所がある場合は国土交通大臣、国へ申請が必要になるわけです。

東京都の場合ですと、建設業許可に関する問い合わせ先は東京都都市整備局、になります。
ホームページを見てみてもわかる通り、けっこう細かく詳しく色々と書かれています。
他県と異なり東京都の場合ですと、申請書の他にも手引きがダウンロードできます。
建設業許可についてまったく知識がない方はまずはこの建設業許可の手引きを東京都都市整備局からダウンロードして一読しておくといいでしょう。

しかし建設業許可の要件に関しては解釈が難しく添付する必要書類も多いため、素人にはどこから手をつけたらいいのかわからない部分があるのは確かです。
多くの方は専門に取り扱っている行政書士を頼りにします。
行政書士へ相談に行き、許可の見通しがあるのかないのか、何が足りないのかを事前にチェックし、準備してから申請、というのが一般的です。
独学で申請を行うケースはあまり数がありませんね。
もちろん出来ないものではないでしょうが、時間がかかりますし労力も必要です。
不慣れな事務手続きに時間を割くよりも、本業に専念した方が効率的ですので、わからないことは無理せずに専門家を頼りましょう。